Nowa broń do diagnozy gruźlicy i wykrywania oporności na leki: ukierunkowane sekwencjonowanie nowej generacji (TNGS) w połączeniu z uczeniem maszynowym do diagnozy nadwrażliwości na gruźlicę
Raport literatury: CCA: Model diagnostyczny oparty na TNG i uczeniu maszynowym, które jest odpowiednie dla osób z mniejszym bakteryjnym gruźlicą i gruźliczym zapaleniem opon mózgowych.
Tytuł pracy magisterskiej: Sekwencjonowanie nowej generacji ukierunkowane na gruźlicę i uczenie maszynowe: ultra-wrażliwa strategia diagnostyczna dla obrotowych kanalików płucnych i rurowych zapalenia opon mózgowych.
Okresowe: 《Clinica Chimica Acta》
Jeśli ： 6.5
Data publikacji: styczeń 2024
W połączeniu z University of Chinese Academy of Sciences i Beijing Chest Hospital of Capital Medical University, Macro & Micro-Test ustalił model diagnozy gruźlicy oparty na technologii nowej generacji ukierunkowanego sekwencjonowania (TNGS) i metodę uczenia maszynowego, który zapewniał ultra-wysokie Wrażliwość na wykrywanie gruźlicy z kilkoma bakteriami i gruźliczkowym zapaleniem opon mózgowych, zapewniono nową metodę diagnozy nadwrażliwości na diagnozę kliniczną dwóch rodzajów rodzajów Gruźlica i pomogła dokładnej diagnozy, wykrywanie oporności na leki i leczenie gruźlicy. Jednocześnie stwierdzono, że cfDNA w osoczu pacjenta może być stosowany jako odpowiedni rodzaj próbki do próbkowania klinicznego w diagnozie TBM.
W tym badaniu zastosowano 227 próbek w osoczu i próbki płynu mózgowo -rdzeniowego do ustalenia dwóch kohort klinicznych, w których zastosowano laboratoryjne próbki grupy diagnostycznej do ustalenia ustalonego modelu diagnozy gruźlicy, a kliniczne próbki kohorty diagnostycznej zastosowano do zweryfikowania ustalonego Model diagnostyczny. Wszystkie próbki zostały po raz pierwszy ukierunkowane przez specjalnie zaprojektowaną ukierunkowaną pulę sondy przechwytywania dla Mycobacterium tuberculosis. Następnie, w oparciu o dane sekwencjonowania TB-TNGS, model drzewa decyzyjnego służy do wykonania 5-krotnej walidacji krzyżowej w zestawach szkoleniowych i walidacyjnych kolejki diagnostycznej laboratoryjnej, a uzyskuje się progi diagnostyczne próbek osocza i próbek płynów mózgowo-rdzeniowych. Uzyskany próg jest wprowadzany do dwóch zestawów testowych kolejki diagnozy klinicznej do wykrywania, a wydajność diagnostyczna ucznia jest oceniana przez krzywą ROC. Wreszcie uzyskano model diagnozy gruźlicy.
Ryc. 1 Schematyczny schemat projektowania badań
Wyniki: Zgodnie ze specyficznymi progami próbki DNA CSF (AUC = 0,974) i próbki CFDNA w osoczu (AUC = 0,908) określonych w tym badaniu, wśród 227 próbek, czułość próbki CSF wynosiła 97,01%, specyficzność wynosiła 95,65%, i Czułość i swoistość próbki w osoczu wyniosły 82,61% i 86,36%. W analizie 44 sparowanych próbek cfDNA w osoczu i płynu mózgowo -rdzeniowego od pacjentów z TBM, strategia diagnostyczna tego badania ma wysoką spójność 90,91% (40/44) w CFDNA w osoczu i DNA płynu mózgowo -rdzeniowego DNA (42/44). U dzieci z gruźlicą płuc, strategia diagnostyczna tego badania jest bardziej wrażliwa na próbki w osoczu niż wyniki wykrywania Xperta próbek soku żołądka od tych samych pacjentów (28,57% vs 15,38%).
Ryc. 2 Analiza Wydajność diagnozy gruźlicy dla próbek populacji
Ryc. 3 Wyniki diagnostyczne sparowanych próbek
Wniosek: W tym badaniu ustalono nadwrażliwą metodę diagnostyczną gruźlicy, która może zapewnić narzędzie diagnostyczne o najwyższej wrażliwości wykrywania u pacjentów klinicznych z gruźlicą oligobacilarną (hodowlę negatywną). Wykrywanie nadwrażliwej gruźlicy opartej na cfDNA w osoczu może być odpowiednim rodzajem próbki do diagnozy aktywnej gruźlicy i gruźliczego zapalenia opon mózgowych (próbki w osoczu są łatwiejsze do zbierania niż płyn mózgowo -rdzeniowy u pacjentów podejrzanych o gruźlicę mózgu).
Oryginalny link: https://www.sciencenicect.com/science/article/pii/s0009898123004990? Via%3dihub
Krótkie wprowadzenie produktów do wykrywania serii makro i mikro-testu gruźlicy
W związku z skomplikowaną próbką pacjentów z gruźlicą i różnymi potrzebami, makro i mikro-test zapewnia pełny zestaw roztworów NGS do ekstrakcji upłynnienia z próbek plwociny, konstrukcji i sekwencjonowania biblioteki Qualcomm oraz analizy danych. Produkty obejmują szybką diagnozę pacjentów z gruźlicą, wykrywanie oporności na leki gruźlicy, pisanie Mycobacterium tuberculosis i NTM, diagnostyka nadwrażliwości gruźlicy bakteryjnej i ludzi gruźlicy itp.
Seriowe zestawy wykrywania gruźlicy i prątków:
| Pozycja nr | Nazwa produktu | Treść testowania produktu | Typ próbki | odpowiedni model |
| HWTS-3012 | Przykładowy środek uwalniający | Stosowany w obróbce upłynniania próbek plwociny uzyskał pierwszorzędną liczbę rekordów, Sutong Machinery Equipment 20230047. | plwocina | |
| HWTS-NGS-P00021 | Zestaw wykrywania ilości Qualcomm dla nadwrażliwego gruźlicy (metoda przechwytywania sondy) | Nieinwazyjne (ciekłe biopsja) Wykrywanie nadwrażliwości dla bakterii-ujemnej gruźlicy płuc i guzków mózgowych; Próbki osób podejrzanych o zarażone gruźlicą lub niszczycielami nie-berruźlicy analizowano za pomocą metagenomiki sekwencjonowania o wysokiej głębokiej sekwencjonowania, a informacje o wykryciu tuberculosis lub niebruźlicy Mycobacteria zostały dostarczone. | Krew obwodowa, płyn z płucnego płucnego, hydrothorax i wodobrzusze, próbka nakłucia, płyn mózgowo -rdzeniowy. | Drugie pokolenie |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing i zestaw do wykrywania oporności na leki (metoda sekwencjonowania amplifikacji multipleksowej) | Test pisania Mycobacterium, w tym MTBC i 187 NTM；Wykrywanie oporności na leki Mycobacterium tuberculosis obejmuje 13 leków i 16 podstawowych miejsc mutacji genów oporności na leki. | Plwocina, płyn z płucnego płucnego, hydrothorax i wodobrzusze, próbka nakłucia ostrości, płyn mózgowo -rdzeniowy. | Podwójna platforma drugiej/trzeciej generacji |
Najważniejsze informacje: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium Typing i zestaw do wykrywania oporności na leki (metoda amplifikacji multipleksowej)
Wprowadzenie produktu
Produkt oparty jest na głównych lekach pierwszego i drugiego rzutu opisanego w wytycznych dotyczących leczenia WHO, makrolidów i aminoglikozydów powszechnie stosowanych w wytycznych dotyczących leczenia NTM, a miejsca oporności na leki obejmują wszystkie grupy miejsc związanych z opornością na leki w miejscach w Kto katalog Mucobacterium tuberculosis Complex Mutacji, a także inne zgłoszone geny oporności na leki i miejsca mutacji zgodnie z badaniem i statystykami Literatury o wysokich punktach w kraju i za granicą.
Identyfikacja pisania jest oparta na szczepach NTM podsumowanych w wytycznych NTM opublikowanych przez Chinese Journal of Tuberculosis and Choroberatory Chorób i konsensus ekspertów. Zaprojektowane podkładki do pisania mogą wzmacniać, sekwencjonować i adnotować więcej niż 190 gatunków NTM.
Dzięki ukierunkowanej technologii amplifikacji multipleksowej PCR geny genotypowania i oporne na leki geny mycobacterium amplifikowano za pomocą multipleksowej PCR i uzyskano kombinację amplikonu do wykrycia genów docelowych. Wzmocnione produkty można skonstruować w bibliotekach sekwencjonowania o wysokiej wydajności drugiej generacji lub trzeciej generacji, a wszystkie platformy sekwencjonowania drugiej generacji i trzeciej generacji można poddać sekwencjonowaniu o wysokiej głębokości, aby uzyskać informacje o sekwencji genów docelowych. W porównaniu ze znanymi mutacjami zawartymi w wbudowanej referencyjnej bazie danych (w tym katalogu Mycobacterium tuberculosis Complex Mutacji i jego związku z opornością na leki), określono mutacje związane z opornością na leki lub podatność leków przeciwbruźliczych. W połączeniu z samoo otwartym roztworem leczenia próbki plwociny makro i mikro-testu, problem z niską wydajnością amplifikacji kwasu nukleinowego próbek plwociny klinicznej (dziesięć razy wyższa niż w przypadku tradycyjnych metod), tak aby mogło być wykrywanie sekwencjonowania sekwencjonowania oporności na leki bezpośrednio zastosowane do klinicznych próbek plwociny.
Zakres wykrywania produktu
34geny związane z opornością na leki18leki przeciw bajnikowi i6Wykryto leki NTM, pokrywając297miejsca oporności na narkotyki; Dziesięć rodzajów Mycobacterium tuberculosis i więcej niż190Wykryto rodzaje NTM.
Tabela 1: Informacje o 18+6 leków+190+NTM
Przewaga produktu
Silna zdolność adaptacji klinicznej: Próbki plwociny można wykryć bezpośrednio za pomocą środka samo-likwizacji bez hodowli.
Operacja eksperymentalna jest prosta: pierwsza runda operacji wzmocnienia jest prosta, a konstrukcja biblioteki jest zakończona w ciągu 3 godzin, co poprawia wydajność pracy.
Kompleksowe pisanie i oporność na leki: obejmowanie miejsc pisania i odporności na leki MTB i NTM, które są kluczowymi punktami troski klinicznej, dokładnego wykrywania pisania i oporności na leki, wspierania niezależnego oprogramowania do analizy oraz generowanie raportów analizy jednym kliknięciem.
Kompatybilność: kompatybilność produktu, dostosowanie się do platform ILM i MGI/ONT głównego nurtu.
Specyfikacja produktu
| Kod produktu | Nazwa produktu | Platforma wykrywania | specyfikacje |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium Typing i zestaw do wykrywania oporności na leki (metoda amplifikacji multipleksowej) | ONT 、 ILLUMINA 、 MGI 、 SALUS PRO | 16/96rxn |
Czas po: 23-2024