Niedawne badanie metagenomiczne ujawniło niezwykle zróżnicowane spektrum wirusów i bakterii przenoszonych przez gryzonie w prowincji Heilongjiang, w tym wirus Lassa, wirus Amur, Salmonellę i Yersinia pestis.
W badaniu wykorzystanoZestaw do wzbogacania RNA patogenów firmy Macro & Micro-Test, opartej na technologii wychwytywania sondy. Poprzez selektywne usuwanie rRNA gospodarza i innych konserwatywnych fragmentów gospodarza, metoda ta skutecznie zatrzymywała RNA drobnoustrojów, znacząco poprawiając czułość wykrywania patogenów. Ten etap wzbogacania RNA patogenu miał kluczowe znaczenie dla osiągnięcia wysokiego wskaźnika wykrywalności i zapewnił solidne wsparcie techniczne dla monitorowania patogenów.
Gryzonie: główne rezerwuary chorób odzwierzęcych
Gryzonie są najliczniejszą gatunkowo i najszerzej występującą grupą ssaków, obejmującą ponad 2000 gatunków na całym świecie, co stanowi ponad 40% wszystkich gatunków ssaków.
Oprócz znaczenia ekologicznego gryzonie stanowią główne rezerwuary i wektory licznych patogenów odzwierzęcych.Ponieważ siedliska gryzoni często pokrywają się ze środowiskiem życia człowieka (w wyniku bezpośrednich ukąszeń, kontaktu z odchodami lub pośredniej transmisji za pośrednictwem pcheł i roztoczy), patogeny, które są ich nosicielami, stanowią stałe zagrożenie dla zdrowia publicznego.
Warto zauważyć, że ponad 70% nowych chorób zakaźnych pochodzi od zwierząt dzikich, przy czym gryzonie stanowią jeden z najważniejszych rezerwuarów wirusa.
Region graniczny Heilongjiang: linia frontu nadzoru nad patogenami
Heilongjiang, prowincja przygraniczna w północno-wschodnich Chinach, posiada bogate zasoby ekologiczne i graniczy z wieloma krajami. Połączenie bogatej bioróżnorodności i częstych transgranicznych migracji ludności stwarza sprzyjające warunki do transmisji patogenów.
Między czerwcem a lipcem 2021 roku naukowcy zebrali 67 dzikich gryzoni z miejscowości Hengdaohezi w Mudanjiang. Próbki obejmowały:
20 latPółwysep Apodemus
l47Myodes rufocanus
Wszystkie okazy zostały schwytane na terenach mieszkalnych i otaczających je polach uprawnych, co wskazuje na ścisły związek między osiedlami ludzkimi a siedliskami dzikich zwierząt.
Technologia wzbogacania patogenów: przezwyciężanie zakłóceń tła gospodarza
W sekwencjonowaniu metagenomicznym RNA gospodarza zwykle dominuje w odczytach sekwencjonowania, maskując sygnały patogenu o niskiej liczebności.
Aby sprostać temu wyzwaniu, w badaniu wykorzystanoZestaw do wykrywania metagenomu patogenów firmy Macro & Micro-Test. Dzięki technologii wychwytywania sond, specjalnie zaprojektowane sondy wiążą się z rRNA gospodarza i konserwatywnymi sekwencjami, umożliwiając ich usunięcie, a tym samym wzbogacenie RNA drobnoustrojów.
To podejście znacząco poprawiło czułość wykrywania patogenów, umożliwiając sekwencjonowaniu w dół szlaku odzyskiwanie większej liczby odczytów patogenów. Etap wzbogacania stworzył solidne podstawy do dokładnej charakterystyki spektrum patogenów przenoszonych przez gryzonie.
Po wzbogaceniu próbki RNA poddano odwrotnej transkrypcji, konstrukcji biblioteki i sekwencjonowaniu wysokoprzepustowemu. Analiza bioinformatyczna obejmowała:
l Filtrowanie genomu gospodarza
l Klasyfikacja taksonomiczna z wykorzystaniem Kraken2
l Korekta obfitości za pomocą Bracken
Ten przepływ pracy pozwolił na wygenerowanie kompleksowego profilu społeczności wirusowych i bakteryjnych.
Wyniki badań: Współkrążenie wielu wirusów i bakterii
Wyniki wirusowe
Wykryte wirusy należały do 21 rodzin wirusowych, w tymArenaviridaeIHantaviridae.
Poprzezod nowaW wyniku montażu przy użyciu programu Megahit wygenerowano 154 kontigi wirusowe, z których 110 powiązano z 19 wirusami z ośmiu rodzin.
In Półwysep Apodemuszidentyfikowano następujące wirusy:
l Arenawirusy: wirus Lassa, wirus Wenzhou, wirus Gairo
l Hantawirusy: wirus Amur, wirus Puumala
In Myodes rufocanusWykryto arteriwirus szczurzy i wirus amurski.
Wśród tych patogenów:
Wirus Lassa jest czynnikiem wywołującym wirusową gorączkę krwotoczną. Współczynnik śmiertelności z tego powodu wynosi około 20%.
Wirus amurski jest jednym z patogenów odpowiedzialnych za gorączkę krwotoczną z zespołem nerkowym (HFRS). Chiny odnotowują największe globalne obciążenie infekcjami hantawirusowymi.
Wyniki badań bakteryjnych
Ogółem opisano 1051 rodzajów bakterii.
Najliczniej występującymi rodzajami były:
jaSalmonella(26–31%)
jaYersinia(11–23%)
Salmonellajest głównym patogenem przenoszonym przez żywność, odpowiedzialnym za około 9 milionów zachorowań na dur brzuszny i około 110 000 zgonów rocznie na całym świecie.
Yersinia pestis, czynnik wywołujący dżumę, był odpowiedzialny za trzy pandemie w historii. Prowincja Heilongjiang jest uznawana za jedno z naturalnych ognisk dżumy w Chinach i pozostaje priorytetowym regionem w zakresie monitorowania tej choroby.
Znaczenie badania
Wkład naukowy
Badanie to jest pierwszym raportem o występowaniu fragmentów wirusa Lassa i wirusa zapalenia tętnic szczurów u gryzoni z Heilongjiang, co poszerza chińską bazę danych patogenów przenoszonych przez gryzonie.
Systematycznie charakteryzuje społeczności wirusowe i bakteryjne w lokalnych populacjach gryzoni, dostarczając danych wyjściowych do nadzoru nad chorobami odzwierzęcymi w regionach przygranicznych.
Konsekwencje dla zdrowia publicznego
Wyniki podkreślają potrzebę ciągłego nadzoru i badań przesiewowych w kierunku patogenówA. półwysepIM. rufocanus.
Dane te dostarczają naukowych dowodów potwierdzających skuteczność strategii kontroli źródeł chorób takich jak dżuma czy gorączka krwotoczna z zespołem nerkowym.
Mocne strony metodologiczne
Sekwencjonowanie metagenomiczne pozwala na obiektywne wykrywanie zarówno znanych, jak i nowych patogenów.
W niniejszym badaniu technologia wzbogacania patogenów firmy Macro & Micro-Test wykazała wysoką wydajność, skutecznie zwiększając wykrywalność patogenów docelowych w złożonych próbkach biologicznych. Wyniki potwierdzają jej zdolność do wspomagania identyfikacji patogenów o wysokiej czułości w monitoringu dzikich zwierząt.
Rekomendacja produktu
Ze względu na udane zastosowanie w tym badaniu zestaw Macro & Micro-Test Pathogen RNA Enrichment Kit jest zdecydowanie polecany do badań nadzoru metagenomicznego.
Dzięki efektywnemu usuwaniu kwasów nukleinowych gospodarza i wzbogacaniu sekwencji mikroorganizmów, zestaw znacząco poprawia czułość detekcji i jakość danych. Stanowi on niezbędne narzędzie do dokładnego wykrywania patogenów w złożonych próbkach i zapewnia solidne wsparcie techniczne dla nadzoru zdrowia publicznego, oceny ryzyka odzwierzęcego i gotowości na wypadek epidemii.
Contact to learn more: marketing@mmtest.com
Czas publikacji: 02-03-2026